En el siguiente campeonato, el Motagua le ganó la final al Olimpia. Luego el Motagua se alzó con la Copa de la Liga Nacional de Fútbol de Honduras, al vencer a su enconado rival con Gol de Oro anotado por el defensa Reynaldo Clavasquín. La temporada 2020-21 fue un completo desastre: hasta la jornada 9 no se consiguió la primera victoria, acabó como rey del empate y con solamente 5 victorias, convirtiéndose en la temporada con menos victorias en 1.ª división; se recibieron goles en 35 de las 38 jornadas ligueras, incluidos los 19 partidos jugados en casa; en la 2.ª vuelta solamente se consiguió 1 victoria, lo que llevó al equipo a descender 3 temporadas después a Segunda División en la última jornada.
